1906年，清廷改革官制，将工部并入商部，改为农工商部。原属工部的有关河工水利、江防、船政、矿务等事务，户、工两部度量权衡事务，外务部的商务、机器制造，户部的农桑、屯垦、畜牧等，均并入农工商部；而将原商部的铁路、行轮、设电等事务，改归邮传部。改组以后，农工商部成为掌管全国农工商行政的最高机关，事权更为统一，对于工商之推广颇具成效。
农工商部档案内容包含直隶、江苏、湖北、广东、东三省、热河等省的水利资料，直隶、山东、河南、湖北、广西等省的矿务资料，及直隶一省的电业资料。其中的水利资料为目前国内仅见之清代水利建设专业档案。