结合中日两国的具体国情以及上海与周边区域的地域需求，上海海事大学（前身为上海海运学院）日语系于2000年正式成立并招生，每个年级招收2个平行班，班级人数控制在28人左右。自2013年开始，每届招收5名日语语言方向的研究生。目前，日语系实行本科生与研究生两级负责制。本科生工作以中青年教师为主体地加以推动、拓展与管理，研究生工作则由知名教授负责组织、实施与协调。日语系教师教学经验丰富、水平高。在学生评教中，一直稳居全校前列。现有专任教师14名。其中，中方教师12名，日方外教2名。从职称与学位来看，教授1人、副教授3人、博士学位获得者6人。全部教师均有出国留学或进修经历。从教师的专业方向来看，包括日语语法学、日语语用学、中日对比语言学、二语习得、日本近现代文学、同声传译等。