南怀仁文化协会成立于1982年，当初是在天主教圣母圣心会中华省的核准之下成立，并持续接受圣母圣心会赞助24年之久，从2007年起，按照比利时法律规定，正式立案为南怀仁基金会。

本基金会提倡与中国的对话与文化交流。

本基金会与在中国及比利时的各学术机构从事合作研究。

本基金会本着基督内兄弟情谊以及各教会之间平等的精神，与中国教会进行合作。

南怀仁基金会研究教会历史，尤其在中国天主教会方面，并与中国的学术单位以及各国学者合作。

本基金会已举办许多届的国际学术研讨会。

研究报告刊登在本基金会的系列丛书。

在鲁汶出版英文与法文版的“鲁汶中国研究丛书”。

中文版的“怀仁丛书”，在台北由本基金会与光启文化事业共同出版。