结石还会使肾盂、肾盏上皮纤维化，长期受刺激可引起磷状上皮癌。肾结石是男性患者常见的结石病之一，男性患者在得了肾结石后，一定要及时的进行治疗，肾结石早期如果没有进行及时治疗，就会失去**的治疗时间，最后会导致很多的危害。
感染是形成结石的原因，反之，结石阻碍了尿液的排出，细菌不能及时排出，又很容易并发感染，感染可加速结石的增大和肾实质性的损伤，在结石排出或取出前，这种感染很难治愈，严重时可导致败血症，危及生命。
肾结石在合并尿路梗阻时，尤其是双侧尿路梗阻或在此基础上合并严重感染，病人可出现肾功能不全。当梗阻解除和(或)感染得到有效控制，部分病人。肾功能可好转或恢复正常。
钙质在肾组织内沉着，多发生于有高血钙患者。原发性甲状旁腺功能亢进、肾小管酸中毒和慢性肾盂肾炎患者，可有肾钙质沉淀。钙质主要沉淀在髓质内。病变严重时，全部肾实质都可有钙沉着，导致间质纤维化，肾小球硬化和肾小管萎缩。
肾结石肾盂肾炎的肾组织萎缩后可为脂肪组织所代替。肾脏维持其原形但普遍缩小。肾包膜与肾的表面紧密粘连，肾组织萎缩而硬化。严重病例所剩肾组织极少，甚至完全消失。肾实质与肾盂肾盏间为灰黄色的脂肪组织所填充。