台中市1名11个月大女婴于10月5日注射流感疫苗隔天往生事件，卫生署获报后立即启动紧急应变机制，除请台中市政府提供家属心理支持等相关服务外，并由疾病管制局及台中市卫生局与台中地检署保持密切联系，地检署与法医研究所亦迅速进行病理解剖，了解女婴病理变化与可能死因；此外疾病管制局之检验室立即就相关检体进行微生物检验。卫生署更于10月9日及10月12日召开2次专家会议，由林副署长奏延亲自主持，邀集国内顶尖疫苗、病理、小儿心脏、小儿神经、病毒检验等领域之相关专家，就个案病程、解剖及检验之发现进行讨论。法医研究所之鉴定报告亦确认女婴系罹患亚急性淋巴细胞性心肌炎，导致细胞破坏，心脏肥大扩张，因心因性休克死亡，研判与女婴死亡前一天之疫苗施打无关。
对于台中地检署及法务部法医研究所迅速于第一时间厘清事实真相，降低民众对流感疫苗之安全疑虑，以及台中卫生局与家属等之协助，卫生署表达敬佩与感谢之意，也期待借由此事件，建立尔后类似事件卫生单位与检调单位之合作模式。