胡适先生是近代中国最具影响力的人物之一，其生前留下了大量的书信、日记、文稿及其他公私文件，但大部分留存于北京大学与中国社会科学院近代史研究所。本馆所藏的文件档案，多是1949年后胡适在美国，以及1958年回台湾以后所携回或产生的文稿信函。目前，文件档案的整编工作已近完成，且部分档案已数字化，建置成Web界面“胡适档案Metadata数据库”。
来往信函数量较多且卓具意义者，已汇为专档，目前有“胡适与杨联升专档”、“胡适与韦莲司专档”及“胡适与雷震专档”等书信专档。
馆藏文件档另一特色是胡适遗稿（文稿、讲稿及著作）。中文遗稿内容包括：《水经注》考证、中国佛教史研究、小说考证、书评等。英文遗稿，量虽少些，但其中亦有一些至今未刊行的珍贵文件。
除了文件档之外，本馆亦藏有数千册的中、日、英文胡适藏书，其最大的特色在于胡适先生的眉批、注记，是研究近代学术史的重要文献。