本系之前身“高雄师范大学特殊教育中心”系成立于1978年，于1992年由当时的特殊教育中心主任林宝山教授筹创特殊教育系大学部，创立之初，学系的各项规模在创系始皆已初具。本系继于1994年设置硕士班，民国1998年增设博士班，为配合教育部政策，特殊教育硕、博士班与特殊教育学系合并成为特殊教育学系，而成为一个完整的特殊教育师资培育机构。1994年蔡典谟教授继任系主任，其后之系主任分别为陈长益教授、曾进兴教授、陈小娟教授、黄桂君教授 、李永昌教授及王琼珠教授、林素贞教授，108学年度蔡明富教授荣任系主任。
为因应特殊教育师资的迫切需求及师资培育多元化管道的实施，本系于1999年及2003年间进一步开办暑期教学学士后学分班及高职特殊教育学分班；8**年度创办“特殊教育远距教学”课程，提供全国教育相关人员选修；并于90学年度办理“特殊教育行政硕士班”，以提供中小学教师在职进修之机会。为达到系所转型与多元发展之目标，本系硕士班沟通障碍组于90学年度分支成立沟通障碍教育研究所；接着于93学年度通过教育部核准，成立复健咨商研究所。102学年度本系与听力学与语言治疗研究所整并，成为一系多班的学系。
此外，为提升本系研究所学术风气，自93学年度起硕、博士班开设“特殊教育发展与趋势专题研究”，促进师生学术交流与讨论及了解国内外特殊教育发展趋势。多年来本系为推展研究工作局提升学术风气，每年定期办理学术研讨会及专题演讲。为因应社会环境和就业市场的变化，导引并鼓励大学部同学选修专门科目及双主修。于民国95学年度增设特殊教育辅系课程，设有身心障碍组及资赋优异两组以供本校各系学生选读。