动植物防疫检疫设基隆、新竹、台中、高雄分局，掌理下列事项：
输出入动物与畜、禽、水产品及其他动物检疫物之检疫。
输出入植物与植物产品及其他植物检疫物之检疫。
畜禽屠宰管理事项之执行及督导。
畜禽屠宰卫生检查证明文件之签发、查核及管理。
输出入肉品检查证明书之签发、查核及管理。
受理动植物与其产品检疫之申请及办理检疫证明书之签发、查核及管理。
输出动植物产地之田间检疫。
动植物疫病虫害疫情与畜禽屠宰管理资讯之搜集及报告。
协助督导地方农业主管机关办理动植物防疫及种苗之疫病虫害检查。
其他有关动植物之防疫、检疫及畜禽屠宰管理执行事项。