本办法依大学法第六条第二项规定订定之。
大学为提升教学品质及研究水准，有效整合大学资源，得联合其他大学共同成立大学系统。
组成大学系统之各学校，保有自主性与原有权责，并在大学系统合作架构下，整合系统内学校之资源，进行跨校学术及教学、师资聘任、课程开设、教材编纂、图书期刊（含电子资源）与国际学术交流等合作及整合事项。
大学组成大学系统，应提出筹组大学系统计划，并经参与系统学校校务会议通过后，国立及私立大学报教育部核定，其余公立大学报所属地方政府核定。
二、组成大学系统各学校概况、发展重点与组成大学系统发展之短程、中程及长程规划重点方向。
三、组成大学系统各学校之合作及整合事项。
四、大学系统委员会设置及大学系统组织运作方式。
五、大学系统行政总部设置、所需空间与人力配置及系统运作经费之规划。
六、绩效评估机制。
七、其他与系统合作及整合相关之重要事项。
第一项大学系统之变更及停办，应经参与系统学校校务会议通过后，依原核定成立程序办理。
三、大学系统内各学校学生得跨校申请迳修读博士学位，其程序依学生迳修读博士学位办法规定办理。
四、大学系统内各学校得订定与系统内其他学校学生相互转校规定，报教育部核定后实施。
五、大学系统内各学校师生得共享资源。
六、大学系统内各学校教师得以下列方式在系统内各学校流动：
（一）于各学校开课及指导研究生，并得并计入教师基本授课时数。
（二）于各学校借调，得不受义务返校授课规定之限制。
（三）于各学校进行跨校合作研究。
七、其他为达成大学系统发展及各学校整合之目标，于各学校之各项合作及整合事项。
前项第三款相关作业事项，大学系统内各学校应纳入学则规范。
大学系统置系统主席或系统校长一人，由系统内各学校现有人员兼任，综理系统校务与联合发展相关事宜，执行系统委员会之决议，对外代表大学系统。
前项大学系统主席或系统校长，由系统委员会推选，报教育部或其所属地方政府核准后聘任之。
大学系统设系统委员会，由系统主席或系统校长召集，其任务如下：
一、系统重要政策之审定。
二、组成系统各学校合作及整合事项之审议。
三、对组成系统各学校有关学院、所、系、跨校学程及研究中心之规划事项提出建议。
四、系统规章之审议。
五、系统行政组织与跨校研究中心之设立、变更及停办之审议。
六、对外争取各项经费与资源，以促进系统之合作及发展。
大学系统应设行政总部并置行政人员，以推动系统行政业务，并执行系统各学校之各项合作事宜。
前项行政人员，由系统内各学校现有人员兼任，或以契约进用，其权利义务于契约中订明。
大学系统运作所需经费与大学系统主席或系统校长、行政人员薪资及业务费用，当由参与系统之各学校提拨支应。大学系统得以对外募集经费或申请各项专案计划及竞争性经费，分配予各学校负责执行。
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