本系位于台大校总区舟山路旁管理学院大楼对面，拥有典雅的建筑、幽静的环境与宽阔的视野。红白相间高大的测风铁塔，青翠宽广的观测坪，以及耸立屋顶的探空仪圆型天线，均为本系特有的环境景观。

本系现有A、B 及C馆三栋建筑，

A馆为日据时代留下来的旧馆，

B馆为民国64年所建造，C馆为原子能委员会大楼的第二、三层。目前A馆主要规划为实验室；B馆为教师研究室及教室；

C馆的二楼有图书室及电脑室，C馆三楼则为系学会办公室、研究所学生的研究室与教室所在，此外设有自修室、研讨室，提供学生课余研究读书，让学生们有温馨舒适的学习环境。