农业微生物资源团队组建于2014年，是第三批进入中国农业科学院农业科技创新工程的创新团队，团队固定人员10人，其中首席1人，科研骨干5人，研究助理4人。首席科学家魏海雷研究员。团队同时负责国家菌种资源库、国家农业微生物种质资源库、中国农业微生物菌种保藏管理中心、农业农村部农业微生物资源收集与保藏重点实验室等创新平台运行工作。

研究目标：以“四个面向”为指引，充分发挥微生物在农业生产中的突出作用，挖掘微生物种质资源，解析重要微生物功能机制，创制农用微生物绿色投入品，为生物科技和农业绿色高质量发展提供重要支撑。

研究内容：农业微生物种质资源收集保藏、功能评价与开发利用；农业微生物基因组与群体遗传；土壤-微生物-植物互作机制；农业微生物生态、微生物组学方法与功能微生物组的智能装配。