微生物群落是指在一定区域里，或一定生境里，各种微生物种群相互松散结合，或有组织紧凑结合的一种结构单位。

微生物群落是广泛存在于生态系统中的一种结构单位和功能单位，它们是生态系统内充满生气阿判经的一部分， 微生物群落中各种不同的种群能以有规律的方式共处，同时它们具有各自明显的营养和代谢类型。从某种意义上说， 微生物群落的发展导致了生物的发展。

人们对于微生物群落的认识多基于传统微生物学方法并结合生物化学、分360百科子生物学和遗传学等方法分析群落中可培养微生物分布与功能。但是现在已培养的微生物可能不到自然界微生物总量的1%大量未培养的微生物如同地球上的"暗物质"在相应生境中存在种类到底有多少如何发挥功能传统微生物学方法已经不能全面解答。