本院依据教学及专业性质，将所属系所划分为“植物产业学群”、“动物及水产产业学群”、“食品产业学群”、与“自然资源保育暨利用学群”等四大学群作为教学主轴，以动、植物、微生物为资材，了解其特性，利用农业科技进行量产及品质提升、商品化，并全力发展“科技农业”、“生态产业与永续农业”、“食品安全”及“农业全球化”，推动人才培育、研发与国际交流，以提升人类生活素质及环境永续。
国立屏东科技大学农学院全力发展“科技农业”、“生态产业与永续农业”、“食品安全”及“农业全球化”，推动人才培育、研发与国际交流，以提升人类生活素质及环境永续。