辅仁大学宗教学研究所于民国77年成立，是国内第一个获得教育部承认学位的宗教学术教育机构，由房志荣神父担任第一任所长。

在研究所的基础上，宗教学系于民国81年成立，由陆达诚神父担任第一任系主任，是全国第一个宗教学系学士班。

民国83年依照教育部系所合一的新政策，宗教学系所改制为宗教学系学士班及硕士班，由陆达诚神父担任第一任系主任；至民国87年8月，由陈德光教授接任第二任系主任。

因应社会需求，宗教学系于民国91年成立硕士在职专班，提供在职人士进修宗教研究之管道。

在多年的耕耘与学术扎根后，民国92年成立台湾有史以来第一所宗教学最高学位机构－宗教学博士班，招收有志于投身宗教研究的专业人才。

宗教学系于民国99年成立进修学士班，提供对于宗教文化创意产业与生命事业有兴趣之人士之进修管道。