本所成立宗旨在于培育从事海洋事务、资源管理、生态系评估及海洋产业整合之研究，进而能研拟海洋永续管理政策与体制之高级专业人才。本所为结合“海洋科学”和“法政管理”跨领域研究所。所内学生个人领域和发展方向虽有不同，但均要求应修习两大领域相关课程，以培育基本之素养。有鉴于本所研究生来自不同学校和领域，为兼顾上述基本素养之培训，本所除要求学生必修结合科学与管理两领域之专题讨论外，并开设有“海洋资源总论”与“海洋事务总论”两门基础“核心必修课程”供学生修习。让学生均具备有海洋资源与海洋事务之基本专业知识，然后在依自己的兴趣与能力选择论文研究领域。
本所为提升学生英文能力，在甄试招生时有英文口试，或考试招生有英文书报阅读评论等项目，透过入学管道征选英文能力较佳的学生入学就读。本所同学在本校就读期间参加中级英检及格(含达到相同等级其他英文检测标准者)奖励金新台币3000元整、中高级英检及格(含达到相同等级其他英文检测标准者)奖励金新台币5000元整。