公共管理系是东南大学历史最为悠久的系科之一，其源头可上溯至原中央大学政治学系。自东南大学1996年恢复政治学与行政学本科专业以后，曾用名为政治与公共管理系，2011年调整为公共管理系。公共管理系具有一支高素质的师资队伍，全系教师知识结构合理、学术背景多元、教学理念先进，在教学和科研活动中能建立国际视野、创新思维方法、重视学科交叉，逐步形成了鲜明的教学和科研特色，并在学科建设、队伍建设、人才培养、学术研究与社会服务等方面均取得了显著成就，已成为我国公共管理领域人才培养和科学研究的重要基地。公共管理系现设有政治学与行政学本科专业、公共管理一级学科硕士点，并承担公共管理专业学位硕士（MPA）的培养工作。