接种部位疼痛、红肿，通常于数天内消失，其他可能反应包含疲倦、头痛、肌肉酸痛、体温升高、畏寒、关节痛及恶心，通常轻微并于数天内消失。
依据疫苗临床试验及上市后监测显示接种第二剂之副作用发生比率高于第一剂。
接种疫苗后可能有发烧反应(≧38℃)，依据BNT162b2疫苗临床试验，发烧比率平均约24.2%，第二剂较第一剂比率高(依据美国CDC V-safe资料12-15岁第一剂约10%，第二剂约30%)。 一般约48小时可缓解，如有持续发烧超过48小时、严重过敏反应如呼吸困难、气喘、眩晕、心跳加速、全身红疹等不适症状，应尽速就医厘清病因。
依据疫苗上市后安全性监测资料，接种BNT162b2疫苗后曾出现极罕见的心肌炎和心包膜炎病例。这些病例主要发生在接种后14天内（亦有极少数个案发生于接种后2周至4周间），较常发生在接种第二剂之后以及年轻男性但评估后BNT162b2疫苗用于年轻族群的整体临床效益仍大于其风险。
接种疫苗后28天内如出现疑似心肌炎或心包膜炎的症状，包括：
运动耐受不良（例如走几步路就会很喘、没有力气爬楼梯）
临床医师对于BNT162b2疫苗接种后可能发生心肌炎或心包膜炎之诊治评估事项，可参考“mRNA疫苗接种后心肌炎/心包膜炎指引”