国立自然科学博物馆、财团法人国立自然科学博物馆文教基金会与台湾植物分类学会为纪念彭镜毅博士，设置彭镜毅博士纪念奖(以下简称本奖) 并订定本遴选要点，以鼓励本国籍之大学、硕、博士生或植物分类学者或参与分类学研究者，进行植物新分类群之发表。
本奖由财团法人国立自然科学博物馆文教基金会支应，授予获奖论文得奖者奖金。
一、本国籍之大学、硕、博士生或植物分类学者或参与分类学研究者。
二、为台湾植物分类学会会员或即将加入者。
三、其新分类群文章为2年内（含）发表于国内外分类学期刊，并为第一或通讯作者。
本奖之颁发，每年至多6篇或从缺。每篇获奖论文发给新台币参万元暨奖状乙纸。若作者多于一人则由该论文之得奖者负责奖金分配。同一人每年申请以一篇为限。
每年12月 1 日至 31 日为申请日期。申请时应至国立自然科学博物馆网站下载申请表并填具完成，检附相关文件提出申请；资料不全或不符规定者，不予受理。
遴选要点及各项规定细节于当年公告之，由国立自然科学博物馆相关组室收件及安排审查。审查委员由三方推选产生，人数三至五人，以公平公正方式审查，并于一个月内完成。审查结果于国立自然科学博物馆网页公告，并个别通知得奖者，另安排公开仪式颁奖。