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学生总队现为四年制大学教育正期班军官班队、二年制士官二专班队及专业军官班队。总队设上校总队长、中校副总队长、中校政战处长各1员，幕僚参谋4员，下辖8个中队，各中队编制中队长及辅导长各1员，学生编队采各年班混合编队为原则。

学生总队担负本校学生思想品德陶冶、人格培养、生活辅导管理与考核之责。藉学生荣誉制度协助学生自我成长为宗旨，并配合教学行政单位等提供各种有助于自我成长的经验与活动，培养学生在智、信、仁、勇、严--武德方面均衡发展，以落实培养学生具备“专业的科技知识”、“明晰的思维逻辑”、“卓越创造能力”与“领导统御风范”之海军基础军官为目标。