有机废弃物中含有大量病菌虫卵，若不及时处理会传播病菌，使地下水中氨态、硝态和可溶性有机态氮浓度增高，以及地表与地下水富营养化，造成环境质量恶化，甚至危及到生物的生存。
因此，合理利用这些有机肥料，既可减轻环境污染，又可减少化肥投人，一举两得。有机肥料还能吸附和螫合有毒的金属阳离子如铜、铅，增加砷的固定。
发酵有机肥有效活菌数含量高，好氧发酵、分解蛋白质、粗纤维能力极强，同时能够达到升温、除臭、消除病虫害、杂草种子和富集养分的效果。
大量有益活性菌直接参与土壤物质和能量转化、腐殖质形成和分解等过程，对土壤团粒结构起到胶粘作用，有效改善土壤物理性状，增强土壤的透气、保水、保肥能力，防止土壤板结和酸化，培肥地力，提高肥料利用率，降低施肥成本，使土地实现良性循环。
土壤有机质是衡量肥力水平的主要标志之一，是土壤肥力的物质基础，是补给和更新土壤有机质的物质来源。
施用有机肥料时，(1)不断补充被消耗的有机肥料。单靠化学肥料，不要几年，土壤结构就遭到破坏而板结;(2)不断提高土壤有机质含量;(3)不断更新土壤有机质。有机肥料转化为土壤有机质约占土壤有机质年形成量的三分之二，可见要补充有机肥料才能不断更新土壤有机质。
很显然，施用有机肥料提高土壤肥力非常重要。