小肠细菌过度生长是一种会对胃肠系统造成严重破坏的疾病，导致局部症状，但小肠细菌过度生长的影响也会以其他更系统的方式影响我们的健康，如慢性疲劳、肌肉酸痛、纤维肌痛、“脑雾”、呼吸障碍和口臭等等。文献报道的临床症状和体征的综合清包括：；

健康的细菌，当它们过度生长时，可以通过产生氢（H+）和甲烷（CH4）气体影响我们的身体。这些气体会导致小肠细菌过度生长患者出现局部胃部症状，但也会对肝脏产生毒性，从而导致全身症状，以及体内过酸。

高水平的酸性导致局部和全身的低度或明显的代谢性酸中毒。据推测，这种酸度是导致人们出现许多症状的原因。

小肠细菌过度生长的病因被认为是小肠移行性运动复合体受损所致。这种缓慢的肠道运动是导致细菌过度生长的原因。肠道蠕动的损害通常是由多种病原菌感染后的单一食物中毒引起的。一旦复合物受损，修复起来可能非常困难，但治疗需要从清除细菌过度生长开始。

其他原因与消化不良有关，包括胃酸不足（胃酸过多）、胆汁分泌不良或只是单纯的吃得太快和没有正确咀嚼食物。

检测这些细菌气体是诊断和治疗小肠细菌过度生长的关键步骤。治疗通常需要相当短的疗程，使用几种不同的抗生素或草药中的一种，然后支持运动复合体来恢复肠道的运动，这样细菌就不会很快生长回来。抗生素或草药治疗后立即重新测试对确保细菌消失也很重要。

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