生物医学工程系创立于民国八十七年，以培育具创新及专业能力的医学工程师、临床工程师及医疗器材研发工程师为目标，本系为南台湾第一所生物医学工程学系，并在九十三学年度成立研究所招收硕士班。

生物医学工程学系是唯一具有整合生物医学科技、工程技术、与临床应用而形成的跨领域的科系，其发展目的在于：

1.新的临床医学诊断、治疗装置或方法的开发。

2.医疗器材新产品的开发及改良，开发验证作业的评估及执行。

3.医疗器材的行销与管理。

4.从事生物医疗的研究与发展，以增进全体人类的福祉。

因此本系成立的教育宗旨在于训练学生对生物医学的深入认识、具备扎实的工程知识与技术、以及对生物医学工程本质与特性的了解，以解决在生物或医学上所遇到的问题，配合医学院及义大医院之设备与师资，训练培育具有医工跨界临床医学科学之专才。训练本系毕业的同学均具备有利用工程理论和技术，以解决生物、医学与医疗问题的能力。在毕业后无论是继续深造或投身于医学工程产业担任专任工程师均能胜任无虑。