世界卫生组织于二十世纪末指出，新世纪的国际公共卫生议题，感染症将成为威胁人类健康的最重要疾病之一，随着人类生活型态改变、病毒与致病性微生物不断适应、变异，使得各种新兴传染病及再浮现的传染病不断发生，又因全球暖化有利于昆虫的孳生，虫媒性感染症预期将造成新的冲击。
透过预防接种是预防感染症最直接有效的方法，更能降低医疗成本，而致病原的地方化，不同国家感染症流行状况各有不同，必须仰仗国人自行研究及发展本土疫苗，因此针对台湾地区重要之感染症问题，应做好紧急应变与中长程研究之规划，以维护国人健康。
拟解决不同感染原造成之感染症问题如下：
抗生素滥用导致全球多重抗药性细菌、霉菌，或超级细菌的流行，因此开发快速发现及鉴定出感染原、了解其抗药性及致病机转，并藉建立有效的预防及治疗方法为防疫成功的关键。
随着人类生活型态改变、病毒与致病性微生物不断适应、变异，使得各种新兴传染病及再浮现的传染病不断发生，又因全球暖化有利于昆虫的孳生，新兴感染症发生势必造成重大冲击，即时的流行讯息及疫苗研发，为降低感染发生率与死亡率之所需。
全球每年有近三百万人死于结核病，在台湾，结核病为每一年确定个案数及死亡数最多的法定传染病，可见其防治的必要性与急迫性。了解与结核相关之宿主特性，研发新型结核疫苗，以解决卡介苗效力不足之问题，降低结核之发生率与死亡率。
癌症为十大死亡原因之一，而病毒感染与癌症形成有直接或密切的相关性。为了协助降低癌症对人类的威胁，探讨严正相关病毒其之致病机转，包括发炎及代谢在致癌之角色，并依据可能的信息路径，研发免疫治疗法、化学预防药物开发，及治疗性疫苗研发。
预防接种是预防感染症最直接有效的方法，更能降低医疗成本，而致病原的地方化，不同国家感染症流行状况各有不同，因此本土及新型疫苗的研发不可间断。
本所之研究，拟透过实证，进行介入性措施，依据卫生福利部健康促进&疾病预防之研究策略，协助确保卫生安全的环境，及永续提供高品质医疗服务。执行之研究包含以下五大方向：
(二) 新兴病毒监测、致病机制研究与疫苗研发；
(四) 肿瘤病毒致癌机制研究与治疗研发；