出天王殿，即见华藏殿，是入门的第二进殿。千佛山菩提寺的华藏殿，启用于民国八十三年七月盂兰盆无遮普施水陆大法会。
殿内供奉华严三圣，中央本尊为毗卢遮那佛，成佛如来圆具三身，毗卢遮那佛即为释迦如来的清净法身体，为真如法界境相，也就是密教中的本尊－即大日如来。右侍为乘象骑的普贤菩萨，主理门；左侍为乘狮骑的文殊菩萨，主智门。
千佛山方丈上白下云老和尚不仅是禅宗的成就者，也是梵密的成就者；华藏殿的建立，不仅象征着一个信佛、学佛、可以成佛者所追求的理智完备、光明遍照的真如觉界；同时也传达着一个讯息：佛法不离世间觉，老禅师弘布正法，引领众生行于觉道，表现的是理事圆融无碍的行持与智慧；另外，也算是云公上人对千佛山行者的教诲和期待吧！