现今间充质干细胞已被应用在多种临床应用上（图 4），可简单分成四大类：

2. 调节免疫功能：通过细胞间的相互作用及产生细胞因子来调节身体免疫，治疗自体免疫相关疾病，如：红斑狼疮。

3. 协助造血干细胞移植：增强造血功能，协助异体移植物的植入，如：抑制移植物抗宿主病 (GVHD)。

4. 细胞分泌胞外囊泡应用：囊泡（如：外泌体）内含有能促进组织再生与修复或协助调节免疫细胞功能的因子，能做多种治疗或医美等应用。

截至 2017 年，根据美国医学图书馆的在线临床实验网统计结果显示，间充质干细胞在临床上的应用，主要仍集中在免疫调节与治疗自体免疫等领域上。