受到疫情冲击，诊所协会全国联合会，提出一项问卷调查，结果发现，今年二到三月，诊所的收入减少两成到五成不等，而高达98.3%的比例，健保申报量比去年同期减少，加上人力和防疫成本，让经营压力大增。
拿起仪器替患者诊疗，这是每位基层诊所的日常，但最近疫情爆发，虽然诊所还是得照常服务，却有基层诊所医师坦言，防疫第一线的诊所，经营压力越来越大。
大台中医师公会理事长蓝毅生表示，“除了跟健保申请的费用（减少）外，它的挂号费也少了，就是现金流也少了，（调查）回函里面，有的人（诊所）少了五成，看病人数少五成，可是它平常需要这么多的人（患者）一下子少了五成的时候，人事又没办法减，它可能就会面临比较大的冲击。”
疫情严峻，诊所除了自主分流，还得加派人手量体温，而用量最大的酒精，口罩等防疫物资更是不可少，更增加了基层诊所负担。诊所协会全国联合会，针对全国1400多家诊所调查，发现今年二三月期间，有九成八健保申报量，比去年同期减少，收入减少三成到四成占比最多。等于看病的人少了，但防疫成本支出必须增加，小诊所负担恐怕加重。
中华民国医师公会全联会副秘书长林恒立表示，“诊所的支出还是维持正常，并没有因为疫情关系而减少人事或者是其他设备的支出，所以未来如果疫情延长的时候，就会造成（诊所）更大的压力。”
医师公会全联会指出，调查样本中有超过六成九的诊所，因为防疫增加一到两成支出。但在疫情影响下，看诊人数锐减，诊所营运面临越来越多难题，尤其以感染风险相对较大的耳鼻喉科，内科和小儿科最明显。除了呼吁政府补足防疫物资，也应该进行纾困，才能守住防疫第一线。