本系创立于民国四十七年八月，秉持校训“仁、慎、勤、廉”之精神，培育“视病犹亲、修己善群、终生学习、术德兼修”的医学人才，照顾个人、家庭及社区，服务社会。本系的教育目标（Educational Goals）为培育一位称职的好医师。包括：

为确实达到中国医药大学医学系的教育使命，本系的课程教育目的（Educational Objectives）为“重视生命服膺伦理、思辨与创新、终身学习与多元发展、全人医疗”，是以本校的校训为宗旨，以培育一位才德兼俱专业素养的好医师。

（一）目的一：培育重视生命并服膺伦理原则的医师。

（二）目的二：培育有思辨与创新能力、能有效进行沟通及合作的医师。

（三）目的三：培育具医学专业知识、能采取主动与自主的终身学习态度，并进行多元发展的医师。

（四）目的四：培育以全人医疗为中心，能促进全民健康之社会责任的医师。