民国97年7月1日，台北市政府交通局在为台北市建构一人本、永续、智慧及效率之交通运输环境之理念下，进行交通局及所属机关整体组织架构调整，成立台北市公共运输处，以整合性的管理，执行大众运输、汽车运输、船舶运输规划、发展、管理及交通稽查业务，期使台北市成为大众运输导向都市及达到大众运输使用率60%之目标。
97年7月1日成立之编制员额数为124名，设综合规划科、大众运输科、一般运输科及业务稽查科等4科与秘书室、会计室、人事室及政风室等4室。
101年1月1日因应新增业务、业务量增加及资讯、通讯科技发达，回应外部环境对人本、永续、智慧、效率公共运输环境之需求，编制员额数由原124名调整为130名，另新增智慧运输科，由原4科4室，调整为5科4室。
103年7月4日因应公路法第37条修正条文业于102年7月5日公布施行，公路汽车客运业、游览车客运业、小客车租赁业、小货车租赁业、汽车货运业、汽车路线货运业、汽车货柜货运业等7项汽车运输业移由中央督管，另编制人力6人并同上开业务移拨中央，编制员额数由130名调整为124名。
本处以“资源共享为核心，智慧管理为基础，实现悠活、低碳、安全与整合的绿运输城市”为发展愿景，以提升本市绿运输环境。
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