大豆多肽降压的作用机理主要是通过抑制血管紧张素酶的活性来实现降血压的功能，ACEI肾血管紧张素系统中对于调节血压具有非常重要的生理功能，肾素作用于血管紧张素，放出非活性的血管紧张素，通过ACEI作用形成具有平滑肌活性作用的血管紧张素，从而使血压升高。

降血压肽通过抑制血管紧张素转换酶的活性，使血管紧张素1型不能转变为2型，从而抑制末梢血管收缩防止血压升高，正常人体内血压受到很多因素调节，其中肾素血管紧张素和激肽释放酶。

激肽系统是一种重要的调节系统，血管紧张素简成为ACEI是以上两个调节系统中起到关键作用的酶，降血压的大豆多肽能够竞争性的与ACEI结合，从而抑制其发挥作用。

另外有研究表明，富硒大豆低聚肽具有强的shr血压的作用，这种作用是硒和大豆低聚肽共同作用的结果，ACEI活力被抑制外，还能够与大鼠体内钙离子浓度下降，硒含量增加有关系。