舌头根部两侧溃疡可能的原因包括感染、维生素缺乏和饮食因素等。在面对这种情况时，患者应该尽快就医以明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。

1. 感染：导致舌头根部两侧溃疡的感染可能是口腔卫生不良导致的细菌和病毒感染。患者需要在医生的指导下使用药物来治疗。例如，地喹氯铵和西吡氯铵含片等药物可以用于治疗感染。

2. 维生素缺乏：舌头根部两侧溃疡的原因之一可能是缺乏锌、铁和维生素B族等营养素。在医生的指导下，患者可以使用维生素B族和维生素C等补充剂来治疗维生素缺乏。

3. 饮食因素：患者经常食用刺激性和辛辣食物，或者食用鱼骨等较硬的食物可能会刺激口腔而导致溃疡。在医生的指导下，患者可以使用氯己定含漱液或复方氯己定液、依沙吖啶液、冰硼散、口腔溃疡散等药物进行治疗，以减轻症状。

需要强调的是，所有的药物使用都必须在医生的指导下进行，避免自行用药。患者应该前往医院就诊，并按照医生的建议进行相关检查并接受治疗。