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转录因子与基因表达调控区域的特异性结合是基因表达的重要调控方式。针对特定转录因子的实验，可对差异基因进行转录因子结合位点的 motif 分析，从而推测差异基因中有哪些基因可能直接受该转录因子调节。后结果会用统计学方法进行检验，找到调控目标生物性状，统计学上有显著差别的转录因子