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关于发育形成胎儿与胎盘的细胞谱系特化的具体机制，科学家们提出过几种不同的理论。“Inside-outside”模型认为细胞谱系的特化过程是由细胞分裂后所处的内-外位置产生的不同位置信号引发的。“异质性学说”（Heterogeneities model）认为在四细胞期阶段多能性细胞与滋养层细胞的细胞命运已经出现不同，在组蛋白修饰、转录因子动态变化、非编码RNA的定位以及基因表达等方方面面出现区分