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亲水色谱柱在用于分离疏水性化合物与常规的C18相具有相似的选择性，所以也可以作为一种通用C18柱使用。亲水性色谱柱是专为亲水性和极性化合物具有更强的保留能力和选择性而设计的。典型的应用是对生物分子、代谢物和药物降解产物如有机酸、水溶性维生素、低聚糖、氨基酸以及小分子缩氨酸和小分子核苷等进行分离