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医院的污水成分复杂，并且含有有害成分，因此，医院的排水系统设计十分复杂，不同功能分区的污水所使用的排水系统也不同，有医疗特殊科室排水系统、室内排水系统、室外构筑物和污水处理站以及雨水排水系统等。 医院的病原性污染源来源于几乎所有的治疗科室、内科病房、检查科室以及门诊和传染楼，因此综合医院的病原性污水也需要分类，分类的原则按照病原性细菌和病毒的传染性大小进行区分。 通常医院内有两个科室的污水需要单独处理：医院的传染科（一般会设计独立的感染楼），对门急诊和病房污水单独收集进入化粪池，消毒灭活后排入污水处理站；医院的生物实验室废水需要单独收集和处理