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蛋白质表面有些疏水基团，在裂隙内部疏水基团更多，在较大浓度的盐水体系中与疏水填料配基会有疏水作用而保留，在稀盐溶液中蛋白质被洗脱。 疏水色谱只能用于生物大分子的分离，不能用于小分子分离，常用于前几步工艺的初步分离和蛋白质复性中。疏水色谱上样量一般小于离子交换色谱而大于凝胶色谱；分辨率也是小于离子交换色谱而大于凝胶色谱