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为适应我国、新疆维吾尔自治区经济的快速发展和对社会人才需求的不断变化，面对学校学位点、学位类型不断增加，学位与研究生教育快速发展的新局面，在2005年版新疆医科大学研究生培养方案的基础上，2012年新疆医科大学启动了新一轮的研究生培养方案修订工作。本轮修订工作由主管领导尔西丁•买买提副校长亲自挂帅，研究生学院张彤院长具体部署，各研究生培养单位、各学位点、各教研室通力合作，历时一年，顺利完成了本轮研究生培养方案的修订。 2012版研究生培养方案针对不同层次和类型，按照一级学科设置，其中学术性学位博士培养方案3个（临床医学、药学、劳动卫生与环境卫生学[二级]）；专业学位博士培养方案2个（临床医学、中西医结合临床）；学术性学位硕士培养方案12个（基础医学、生物学[二级]、公共卫生与预防医学、公共管理学、药学、临床医学、口腔医学、护理学、中医学、中西医结合临床、中药学、思想政治教育[二级]）；专业学位硕士培养方案8个（公共卫生硕士、药学硕士、临床医学硕士[中医学、中西医结合临床]、口腔医学硕士、护理硕士、中药学硕士），2013级研究生将按照新的培养方案进行培养