医院管理处对接国家战略和健康需求，在学校及医学院领导下，根据国家和上海市卫生行政管理部门要求，行使对各附属医院的运营、改革和发展进行统筹规划、组织协调、规范指导、监管评价等管理职能。主要配合国家和上海市卫健委对附属医院医疗质量、服务和安全进行监管；开展医院管理分委会建设；组织协调对口支援、援外医疗、医疗救援和保障；开展附属医院各类医务条线评奖评优；加强医院行风建设与监管；推进医疗资源内部整合和临床医学人才队伍建设与培育；加强医疗资源外部拓展与校地医疗合作共建；协调推进医疗数据信息平台建设，不断提升医院管理水平，为学校建设世界一流大学附属医院高质量发展提供支撑。