EDI系统运行中的铁污染，是造成其产水电阻进行性下降的主要原因之。如果在原水和预处理系统中，采用普通钢管，没有进行内部防腐处理，会造成系统内铁含量增高，铁被腐蚀后，溶解在水中大都以Fe(OH)2的形式存在，并进一步氧化，变成Fe(OH)3。Fe(OH)2是胶态物质，Fe(OH)3是悬浮状态。树脂对铁的亲和力强，被树脂吸附后，会造成不可逆反应。在阴、阳离子交换水处理中，阴、阳床会经过再生或清洗，可把树脂内的铁大部分除去。但在EDI设备的运行中，则没有再生和清洗，水中的微量铁元素便会在阴、阳树脂和阴、阳膜上黏附。铁的导电性能强，还来不及与阳离子树脂反应，便被EDI组件内靠近阴膜水中，在大电流的作用下向阳膜迁移。单纯的铁离子易于穿透，而胶状物的铁化合物则不易穿透阳膜，便被吸附在阳膜表面，污染阴、阳膜，最终导致EDI组件的工作性能下降，产水质量差，电阻值呈现进行性降低。