杀菌灭藻剂具有广泛高效的杀菌效果，可以有效控制水中菌藻的繁殖和生长，但是杀菌灭藻剂在工作时也会受到很多外界因素的影响。

1.湿度影响：一些灭藻试剂是常常会受到湿度影响的，相对湿度增加或减少，其功率越高，所以在特定环境中调节湿度到**范围可以提供灭藻剂的效率；

2.温度影响：同湿度一样，关于有些杀菌灭藻剂而言，温度的增高会增加微生物细胞原生质膜的通透性，这样可以使灭藻剂的扩散速度加速，以最短的时间达到作用部位，发挥效果，根据有效试验证实，当温度增加10度左右时，杀菌灭藻剂的杀菌效率会增加2倍；

3.水分活度影响：水分活度是指水能够被微生物使用的百分比，如果水分活度值增大到一定规模，就会致使杀菌灭藻剂失掉自身存在的维护效果，所以保持水分活度值关于杀菌灭藻剂的影响很大；

4.Ph值影响：ph值能够改动微生物膜的通透性，进而改动原生质膜的结构，这样可以使杀菌灭藻剂更容易达到作用部位。