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绿色食品是遵循农业部和工商局关于绿色食品的认证规定，而有机食品是遵循国家质检总局颁布的《有机产品认证管理办法》中关于生产环境、技术和卫生标准的规定而生产加工的食品。
A级绿色食品可以施用低毒农药，但是AA级绿色食品和有机食品规定不能施用任何化学合成农药。
在绿色食品和有机食品的生产工程中会施用一些“”生物提取物，如上文提到的除虫菊提取物来控制害虫，否则产量将受到大幅影响。
大家普遍认为“”杀虫剂会比合成的杀虫剂安全，其实上拟除虫菊酯类农药是在除虫菊酯的结构上优化而来，其本质化学属性并没有太大区别。就好像化妆品广告中经常标榜的“纯”“植物提取”的护肤品中也总是还有乳化剂“硬脂酸甘油酯”，其结构与人工将脂肪酸和甘油经酯化反应得到的物质是一样的，所以不能迷信所谓“纯”物质，也不能抹杀化工行业对人类的生产生活做出的重大贡献。
实际上在传统农业中，高毒农药也已经被禁止施用，合格的农产品中农药残留量也应当是符合国家标准的，结合上文对国家标准的介绍，一般农产品与绿色食品和有机食品在农药残留方面没有质的区别，同理在化肥等的使用上也是一样，严格按照标准生产的传统食品和绿色食品在安全性上应该没有差别。