《邪恶天才2》让玩家在人类身上释放出自己独特的超级反派品牌。建立你的巢穴，招募和训练一群忠诚的爪牙和强大的心腹，捍卫基地免受正义联盟部队侵扰。每个坏人都需要在小岛上兴建基地，挑选犯罪天堂，留下独自的邪恶印记。按自己的游戏风格，塑造这个无法无天的藏身处的内部结构，以及建造美丽的邪恶机器供手下使用。
就算是犯罪组织，同样是对人手求才若渴。随着玩家扩展势力、训练手下，也可以创造一些新的专才来帮忙执行邪恶计划。需要一些更具霸气的东西吗？招募一些能够辅助进行游戏的强力心腹；每个足智多谋的老大都需要一个左右手。执行邪恶计划，逐步推进那建造末日机器并统治世界的阴谋。