包含一组异质性自身抗体，被广泛识别的抗核仁抗体包括抗PM-Scl、抗RNA聚合酶Ⅰ-Ⅲ、抗U3-RNP和抗Th抗体等。抗PM-Scl与硬皮病的炎性肌病相关性强。抗U3-RNP在4％～8％的硬皮病患者血清中存在。相似，抗RNA 聚合酶Ⅰ抗体也与快速进展性弥漫性硬皮病相关，内脏器官受累的频率高。抗RNA聚合酶Ⅱ抗体则常见于系统性红斑狼疮和重叠综合征中，并且倾向与和抗-Ku抗体或抗RNP抗体伴随存在。抗RNA聚合酶Ⅲ抗体在弥漫性皮肤病变的患者中常见，与内脏受累无关。与之相反，抗Th/To 抗体与局限型皮肤病变相关。每个硬皮病患者只表达一种抗核仁抗体的特异性。抗核仁抗体在系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿关节炎和雷诺现象中也可见到。