目前治疗菜花的方法有口服增强免疫能力药物(靠自体免疫能力消灭病毒)、局部涂抹抗病毒药物(化疣敌、乐的美、优克宁 等)、冷冻治疗、电烧治疗、手术切除、激光汽化手术。

最近因激光技术发展神速，激光汽化手术是一种副作用较小的选择，最常见为二氧化碳(CO2)激光。

激光手术的优点:

1.不太会痛。因激光治疗比较精准，可以控制烧灼的深浅及频率。

2.不太会出血。因激光同时具有切割及止血功能。

3.手术后伤口比较不会肿。传统电烧对正常组织伤害较大，伤口较容易肿。

4.伤口愈合较快。传统电烧对正常组织破坏较大，伤口愈合较慢。

5.适合治疗较大型菜花或大范围多发性菜花。

6.较不会造成手术后疤痕的形成。因激光对正常组织破坏较小。

7.可以用来治疗阴道或子宫颈菜花。

8.可以不用打麻醉针，局部涂抹麻醉药，减少一般人对打针的恐惧。但仍须视菜花大小及范围而定。