本署职司海域及海岸执法任务，对于防制走私枪械、毒品、非法入出国、农渔畜产品、烟、酒、动物活体及非法入出国等犯罪，除全力执行各项专案查缉工作外，对易发生走私、偷渡犯罪之重点岸际海域，借由雷达、守望及岸际巡逻勤务三道监侦幕，构成绵密查缉网；另透由行政院跨部会联系会报及境外合作等机制，整合国内外各执法机关(单位)资源及情资，并运用高科技装备及大数据分析，提升跨国情搜品质及溯源缉毒能量，以“阻绝于境外、防堵于海上、查缉于岸际”为目标，彻底瓦解计划性、组织性及跨国性之走私偷渡犯罪，有效阻绝犯罪于境外，全面防范走私、非法入出国犯罪，维护国家安全及社会治安。