2011年一项荟萃分析仅对研究益生菌鼠李糖乳杆菌GG(LGG)在预防院内腹泻的影响的随机对照试验结果进行了分析。研究人员筛选获得三项随机对照试验涉及1092名儿童。这项荟萃分析显示，总的来说，在住院期间服用益生菌LGG降低了腹泻率和有症状的轮状病毒性胃肠炎的发病率。

之后的一项荟萃分析包括了所有益生菌菌株。研究人员获得6项符合纳入标准的随机对照试验涉及1343名参与者。其中包括的益生菌有：LGG，罗伊氏乳杆菌DSM 17938，L delbrueckii H2B20以及双歧双歧杆菌和嗜热链球菌的组合。证实益生菌在预防院内腹泻方面有作用，但是效果有差异。

2017年，最新发表的一项荟萃分析涉及了2254名儿童的8项随机对照试验(已经包括在以前的系统评价中的6项随机对照试验和2项随后公布的随机对照试验)。其中一项发表在2016年的实验被排除，因为受试者不仅服用了益生菌LGG，还同时服用了维生素B和C以及锌，因此，对院内腹泻的预防效果可能不仅仅归功于益生菌LGG。

从总体来看，与安慰剂或无治疗组相比，益生菌治疗对医院内腹泻的风险没有影响。但是，益生菌能减少医院内轮状病毒性腹泻的风险。