科学技术研究院是主管全校科学技术研究工作和科技创新能力建设发展的业务部门，统一负责全校科技工作的管理与协调，强化组织策划，规范业务流程，为科研人员提供管理支持与服务，为学校制定科技政策提供决策依据。科研院设院长1名，副院长4名；下设综合管理办公室、纵向研究处、项目管理中心、产学研合作处、技术转移中心、基地建设与成果管理处、国际合作办公室、医学科研处等8个副处级机构。其中，医学科研处接受科研院与上海医学院的双重领导。

1．根据国家科技发展方针政策，围绕学校发展战略和目标任务，制定科学技术发展规划和科研政策。

2．负责国家和省部级各类重大项目、研究计划、科学基金，国际科技合作项目，校地校企合作等横向科技项目的组织、申报与管理。

3．负责全校理工医类科技成果与知识产权管理，包括科技奖励申报、科研专利申请、科研成果转化等。

4．负责国家级、省部级和校级重点实验室、工程（技术）研究中心、工程实验室、技术转移中心、科技创新平台等的建设和管理。

5．负责理工医类校设研究机构的审核、评估及管理。