南投县最初为台湾台中地方法院检察署所管辖,至民国71年07月始设有临时办公室。即“台湾台中地方法院检察署南投检察官办公室”,之后鉴于南投辖区辽阔,案件日增,有必要独自成立新司法机关,于是由台湾台中地方法院检察署筹建司法新厦,当时检察长为王炳辉先生。大厦完成后,由第一任检察长陈聪明先生担任台湾南投地方法院检察署筹备会主任委员,遂于民国83年07月成立“台湾南投地方法院检察署”,址设:南投市中兴路757号,并自同年08月01日起受理案件。立法院会于107年5月8日三读通过增订法院组织法第114条之2,地方法院检察署改称地方检察署,故本署在107年5月25日更名为台湾南投地方检察署。本署迄今历经九位检察长:第一任陈聪明检察长、第二任朱 楠检察长、第三任林朝阳检察长、第四任陈云南检察长、第五任陈荣宗检察长、第六任施良波检察长、第七任杨治宇检察长、第八任朱兆民检察长、第九任朱坤茂检察长,第十任林邦梁检察长,第十一任为杨秀兰检察长,第十二任为毛有增检察长,第十三任为张晓雯检察长,现任为张云绮检察长。