山达基教会是一个有组织和管理层级的宗教体系。在层级结构的最底层是外围听析员和戴尼提团体。在其之上的层级包括山达基中心，提供基本的戴尼提和山达基服务。这些是传教的驻点，目的是为了接触新成员。当中心逐渐壮大并扩展其活动，接着通常会成为山达基教会。山达基教会的牧师提供的服务有处理会众在婚姻、家庭和其他方面的问题，并主持山达基的宗教仪式，如命名仪式、婚礼和葬礼。他们也举办周日礼拜。

圣岗机构则是中央教会，专门提供高阶的听析员训练。洛杉矶、雪梨、英国的东格林斯特德镇和哥本哈根皆有这样的中央教会。全世界山达基的灵性指挥总部是在佛罗里达州 ── 清水镇的旗舰服务机构，它提供最高阶的宗教服务。旗舰船服务机构提供所有听析当中最高阶的听析（OT八）， 它的训练所在地是位于加勒比海的自由风之船。

洛杉矶的国际山达基教会担任母教会的功能，负责计划全球性的教会宣传活动、编纂训练教材，以及把贺伯特的宗教经典翻译成多国语言。