目的分析海陵区2009-2010年手足口病流行病学和病原学特征。方法利用国家疾病监测信息管理系统搜集手足口病监测资料采用描述流行病学方法对监测资料进行统计分析;采用荧光定量RT-PCR方法对部分手足口病例进行肠道病毒核酸检测。结果海陵区2009-2011年手足口病年平均发病率为188.82/10万发病高峰集中在4-7月份。不同乡镇(街道)报告发病率在114.48/10万~378.38/10万之间(χ2=419.03P<0.01);以5岁以下的散居儿童或幼托儿童为主占85.66%。男性发病高于女性男女比为1.66∶1普通病例以肠道病毒EV71和柯萨奇病毒Cox A16为主要流行株重症病例以EV71为流行优势株。结论海陵区手足口病流行具有明显的季节性、人群性以及地区性引起手足口病普通病例流行的病原体主要为EV71和Cox A16不同年份间流行优势株有所差别EV71型是导致手足口病重症病例的优势毒株。