当原料奶经过预处理并冷却到接种温度后，进一步的加工工艺要根据是生产凝固型、搅拌型、饮用型、冷冻型还是浓缩型酸奶而定。酸奶的组织状态和风味是决定酸奶质量的重要指标。

预处理的牛奶冷却到培养温度，然后连续地与所需体积的生产发酵剂一并泵入发酵罐，罐满后，开动搅拌数分钟，保证发酵剂均匀分散。发酵罐是隔热的，以保证在整个培养期间的恒温。为了能对罐内酸度发展进行检查，可在罐上安装pH计。典型的搅拌型酸奶生产的培养时间为2.5-3hr，42-43℃，使用的是普通型生产发酵剂(接种量2.5-3%)。为了获得好的产品，当PH值达到合理的值时，必须终止细菌发酵，产品的温度应在30分钟内从42-43℃冷却至15-22℃。